2010年8月31日火曜日

Is Japan already losing net neutrality?

I am not at all an expert in these matters, but I just had to wonder about the coincidence of the following two events.


Earlier this month (Aug. 2010), the US net community was filled with responses to Verizon and Google joint announcement that would impact net neutrality of the Internet over the wireless channels (See here for Google search results).


About the same time in Japan, 日本通信, also known as b-mobile which is a MVNO operator riding on the docomo wireless network, announced a microSIM specifically tailored and optimized for iPhone 4. I have seen only positive spins regarding this announcement in the Japanese tech media (here, here, and here; all in Japanese).


As an iPhone 4 user, anything that might speed up iPhone net connection is supposed to be welcome. My question is, is this all positive? What happens if you are trying to develop a new mobile net app that is not listed in the b-mobile's optimized protocols? It sounds awfully similar to what people are worried about the Verizon-Google announcement. Are they just testing the water for docomo, at a small scale, to see if there is any opposition? I don't have time to investigate this myself. Hopefully, someone in the field does.


Just curious, for now.

2010年8月29日日曜日

初めてのeBook

今日、自分にとって初めてのeBookをAmazon.comのKindle StoreからiPad用に買った。AppleのiBook ストアは、日本では実質的にまだオープンしておらず、著作権がとうの昔に切れた本がフリーでダウンロードできるだけだ。最近の本は何も買えない。日本でも独自の環境とAppでeBookを実験的に出している所はあるようだが、どうもね。KindleかiBookに限定すれば、普通に最近の本を買えるのは米国のAmazon.comのKindleストアからだけだ。当然、ほとんどが英語の本になる。映画や音楽には残念ながら国境が厳然としてあるが、本には国境がないことに感謝する。


全く自慢できないことだが、実は本はほとんど読まない。Non-fictionは時に買ったりもするが、小説とか最後に読んだのはいつだろう。嫌いなわけでは無く、読み始めれば徹夜で読む事も昔はよくあった。しかし、eBookが本を身近にしてくれそうな予感がする。これいいかも。iTunesとiPodが15年くらいの実質的ブランクのあと、音楽を再び身近にしてくれたように。20代の頃に買っていたCDを全部放り込んだら、Keith Jarrettの今にもイキそうなgruntsの入っている曲とか、当時は許せなかったJazzが今は一番好きになったりしたのが面白い。


今日買った本、すなわちボクのeBook第一号は、"Unweaving the Rainbow" $11.99。


Kindle for iPadで単語をしばらく押してセレクトすると、辞書が自動的に参照されて左のように定義が出てくる。もう、小型の電子辞書に小さなキーボードで単語をもう一度入れ直して、なんて終わっているよね。これまでも独立したデバイスとしての電子辞書はバカらしくて買った事はなかったが、これからも買うことはもう無いだろう。本当に、こんなのがボクが高校生の頃にあったらなあと思わずにはいられない。今の人たちは、ボクら等より10倍は英語ができて当たり前だよ。


日本でのeBookの状況、そんなに注意を払っているわけではないが、時間稼ぎをしているように見える。表向きには日本独自のルビとか縦書きが現状ではサポートされていないので、まだ出来ないということらしいが、実は、これまでの出版業界のビジネスモデルをなんとかキープしようというのが本当の理由で、非常に後ろ向きな気がする。作家と版元を1ステップのオンラインストアで読者に直結せずに、現在のプレーヤの役割を無理矢理にでも残すために、大きな中間業者が間に入る構造を作ろうとしているように見える。時間稼ぎして、何とかなればいいけれど、既に手遅れかもしれない。1~3人のチームで開発したiPhone/iPad用のAppを直接AppStoreから販売する事が十分可能なのだから、eBookだって紙に印刷された本がいらないのあれば、従来の出版業界の流通に全く関わる事なく、その外で同様に可能だろう。本には国境が無いのだから、米国のAmazonが日本語の本を出してもまったく構わない。日本ではまた、ここでもガラパゴス的進化をして、取り残される事になるかもしれない。


図や数式が無い、小説のような本なら、すぐにでも出せるはずなのに。例えば、ソフトウエアのように、ベータバージョンとして、ルビが無くても縦書きでなくてもいいじゃないですか。先行して買ってくれた方には、それらが可能になった時に無料あるいはほとんど無料でeBookをアップデートすれば済む話しだろうに。そんなに本を読むわけではないので、不自由だと言うわけではないのだが。当面は、英語のeBookを読む事にしようと思う。


先日のアップデートでMac用のPagesがEPUBを作成できる様になったということなので、論文をeBookにしてiPadに入れてみようとした。できない事は無いのだが、ちょっと細かな複雑な図がたくさんある論文や教科書等は、これではまだ無理のようだ。図の解像度もちょっと使えないくらい悪くなってしまう。将来に期待しよう。

2010年8月28日土曜日

論文PDF管理:iPapersからPapers (for MacOS X/iPad/iPhone)へ移行

主に生物・医学系の論文を読まれる方にしか関係しない事かもしれないが、ようやくPubMedPDF Toolsと論文PDFコレクションの互換性を保ったまま、論文管理をPapers (for MacOS X, iPad/iPhone)に移行することができた。その時の手順と感想を書いておく。(※これらのソフトウエアのリストは末尾にまとめます。)


研究に携わるようになって以来、恥ずかしながら紙の論文をまともに整理できたことは一度も無い。"(Someone): Izumi, Do you happen to have Barlow, Blakemore, Pettigrew 1967 handy?  (Me): Sorry, I should have it somewhere in this cabinet or this pile, but ..." という会話が何度あったことか。これ何回かやれば、その人はもう来なくなりましたが、新しい人とまた。しかし、コンピュータのおかげで、もうそういう心配は無くなった。「超整理法」とかがタイトルに付く本も、そういう本が書ける人は凄いなとは思っても、ボクはその点は最初からあきらめていて、読もうと思った事もない。技術の進歩は、ありがたいことだ。


図1:PubMed IDで論文ファイルを保存
まずは、これまで論文PDF管理をどのようにやって来たのかという、背景から。これでも、いろいろやってみてはいるのです。


2003年8月以来、論文PDFはPubMed ID(PMID)でファイル名を付けて保存しており、現在10,000個以上の論文ファイルがコレクションに入っている(当然、読んでいない論文が大部分だが)。ちなみに、これ全部でたった12GB、ノートPCで全論文をいつも持ち歩けるサイズだ。


ただし、ファイル名が番号のままでは全く使えないので、人が読める別名を自動的に付ける。そのためのツールがPubMedPDF Tools。 PubMedデータベースを定期的に自動参照して、新規に追加された論文PDFファイルに著者名/年/Journal名/論文タイトル、等に基づいて別名を付け、さらにOSの階層フォルダ内に著者/年で自動的に振り分けるスクリプト群がPubMedPDF Toolsだ。この別名を付ける際に、Unixのシンボリックリンクを使うのでファイルの本体は複製されない。だから、別名はいくつ付けてもHDD容量がほとんど食われない。なので、筆頭著者だけでなく、全ての共著者のフォルダーに各論文が入ることになる。(※こうしておけば、スクリプトを変更する事で、いつでもPubMedを参照して整理の仕方を変えられるので、元の論文ファイルはdatabaseのキーとなる番号にしておいたほうがいいだろう。変に人が読める名前の付け方にこだわると、後で困る事になります。)


これまで、PubMedPDF Tools、PubMedPDF(XOOPS module)、iPapers等の同じPubMed IDをベースにしたシステムを使って来た。


PubMedPDF Toolsは、現在でもWebから手持ちの論文をアクセスするために使っている。この部分はiMacが担当し、裏で新しいPDFを追加する作業を自動的に行い、その結果をネットアクセス可能にするWebサーバとなっている(もちろん限定アクセス)。また、MacBook Pro上で手持ち論文を見つけて読むために、これまでは青山さんが開発されたiPapers 1.0.8を使って来た。これら2つのソフトウエアのおかげで、持っているはずの論文ファイルが見つけられないということは無くなった。


このシステムの内、今回iPapers 1.0.8をPapers (for MacOS X, iPad/iPhone)に置き換えた。もちろん、iPadが発売されたので、MacとiPadの両方で同様に論文にアクセスしたいためだ。Papers for MacOS Xは音楽の代わりに論文PDFを管理するiTunesのようなソフトだといえば、わかりやすいだろう。


図2:Papers Preferences設定
同様のPubMed IDベースの論文PDFコレクションをお持ちの方は、これらとの互換性と今後のためにも、以下のようにPapersを設定される事をお勧めする。


Papers (for MacOS X)の環境設定でLibraryを図2のように設定する。PDFファイル名をこれまで通り、PMIDにするだけ。


後は、ファイルメニューから Import... > iPapers PDFsを選択し、PDFファイルの入っているフォルダーを指定してやるだけである。


図3:手持ちの論文PDFを一括インポート
ただし、数1000以上も論文があると、このインポートに時間がかなりかかる。おそらくPapersとしてはその気になれば、短時間で完了できる作業なのだが、わざと3秒に1論文程度のペースでしかインポートが進まない様に待ち時間を入れている。これはPapersのようなプログラムが自動的に何度も繰り返しPubMedデータベースを参照するときのNCBIが定めたルールがあるからだろう。PMIDから著者リスト、アブストラクト、Journal名、号、ページ、等をNIHのNCBI/PubMedを参照して取ってくるため、NIHのサーバーに負荷をかけすぎないためだ。


MacOS X版のPapersは3−4年の開発歴があり、非常に使い易く安定している。Papers for iPad/iPhoneはリリースからそれほど時間がたっておらず、まだ不安定な部分や制限があるが、数100から1000個程度の論文を持ち歩いて見るためには、おそらくiPad用としては一番使い勝手がよいAppではないかと思う。現在、iPad, iPhoneには保存できる論文数として、それぞれ5000, 1000の上限がある。ただし、iPadに上限いっぱいの5000論文を入れたら、Papers for iPadのスタートアップ時にcrashした(Splash スクリーン以降に進まないでcrash:※※このバグは2010年9月上旬リリースのversion 1.8.6以降では修正済み)。こうなった場合は、一度Appを削除して、再インストールが必要になる。また、5000論文も入れると、次回iTunesがiPadの内容をバックアップする時、長〜い時間がかかる。それから、Papers for iPadを同期させる場合、Mac版のPapersでSmart Collectionは現状では使わない方がよい。反応が20倍ほど遅くなる所が出てくる。


言い忘れたが、Papers はMacOS XとiPad/iPhoneの間で、論文ライブラリの同期をケーブルで接続することなく、無線LAN経由で行う事ができる。これは非常に便利だ。音楽やその他のメディアについてもiTunesとiPod/iPhoneの間でのWiFiあるいはBluetooth経由の同期はまだだが、Appleにぜひやって欲しい事だ。


これで、Mac, iPad, iPhoneについてはPapersさえあれば全て済む。ただ、論文PDFコレクションの保持と、Mac以外からのアクセスのために、まだPubMedPDF ToolsとWebベースのシステムが必要だ。データベースを内包しないPubMedPDF Toolsはそれなりに使い易く、そのためにもPMIDベースでの論文管理は続くことになる。後少し、PubMedPDFによるシステムとPapersとの間でコレクションを同期するスクリプトを手直しする必要があるが、そんなに難しいことではない。PDFファイルさえバックアップがあれば、どんなシステムにも移行可能だし、データベースが壊れても、いつでも再構築が可能だ。




※Papersの開発者であるmekentosj.comとは、Papersのユーザである以外、利害関係は無い。Papersは有料ソフトだが、価格は抑えてあると思うし、学部生/大学院生には40% discountがあるので、該当する人はお忘れなく。


Papers (for MacOS X, iPad/iPhone)
http://mekentosj.com/papers/
http://mekentosj.com/papers/ipad/


iPapers
http://ipapers.sourceforge.net/iPapers.html


PubMedPDF Tools
http://ohzawa-lab.bpe.es.osaka-u.ac.jp/pubmedpdf/


PubMedPDF(XOOPS module)
http://sourceforge.jp/projects/ppdf/
http://ohzawa-lab.bpe.es.osaka-u.ac.jp/resources/portalpackage.html

2010年8月27日金曜日

Is Apple Quartz PDF antialiasing doing the right thing?

アップルのbitmap antialiasing変じゃないですか?

Summary in Japanese:
MacOS XからiOSデバイスであるiPhoneからiPadまで、PDFの表示は、ほとんど全てのそれを必要とするアプリケーションでサポートされています。 ところが、これをシステムレベルでサポートしているQuartz 2Dというモジュールのbitmapの扱いに、どうもおかしなところがあります。 前から気にはなっていたのですが、iPadでPDF形式の論文が読めるようになってから、いいかげん我慢できなくなりました。何とかして欲しいとおもって、このバグ(Appleによる、PDFの仕様のおかしな解釈?)を記述しておきます。


AdobeとAppleのPDF renderingの違いを例で示します。私が共著者の論文、Sasaki KS, Ohzawa I. (2007) の図2C のAdobe Reader (Adobe Acrobat)[左]とMacOS X 付属のPreview[右]による同じ部分の拡大表示です。少なくともこの件に関しては、Appleのbitmapへのantialiasingのかけかたは間違っていると思います。AntialiasingをPreviewの環境設定でOFFにすれば良い等という問題ではないのです。何にAntialiasingをかけるかが間違っているということです。以下、詳細は英語で。


Left: AdobeReader, Right: MacOS X Preview.app
















Nearly all MacOS X applications (except for Adobe products) and all iPhone and iPad apps rely on Quartz 2D for rendering PDF documents. From Preview, Keynote, Safari, Papers, iBook... And the way these applications render bitmap data with antialiasing is wrong.


I sort of knew this problem for several years, but now that I am regularly reading scientific papers in PDF format on my iPad where there is no AdobeReader or plugin, it started bother me a lot. Images in the figure above are bitmaps from one of our papers (Sasaki KS, Ohzawa I. (2007)), as displayed by Adobe Reader (Adobe Acrobat) [left], and by MacOS X Preview.app [right]. The result rendered by Preview.app is overly and unnecessarily blurred.


Apple usually does the right thing, but in this case, I believe Adobe is right and Apple is wrong.


My guess of what is going on is that Apple's Quartz applies antialiasing to the bitmap data representation itself perhaps assuming a certain DPI (dots per inch) value. I think this is wrong. The DPI value, that may or may not be present in the original bitmap files or pasteboard data, should be irrelevant once those bitmaps are embedded in a larger figure. Antialiasing operation should happen at really the last stage, when mapping the representation to pixels of the acutal display device. And it is not a matter of turning the antialiasing ON or OFF. It should be ON generally, as things are now. What I am saying is that Apple seems to be doing it at the wrong stage of the display mechanism.


This part of MacOS X comes from NeXTSTEP, which I believe is the first OS with system-wide resolution-independent display imaging model in their Display PostScript, and now this is inherited in Quartz in MacOS X as its PDF-like imaging model. If my memory serves me right, however, I think NeXTSTEP did the right thing. So, this bug or the "feature" happened at Apple after 1997.


I hope Apple does something quickly to fix this. Otherwise, my Keynote slides look totally stupid.


I have some additional sample files here as a ZIP file.


If you are sure that I am wrong here, please let me know.

Reference:
Sasaki KS, Ohzawa I. (2007) Internal spatial organization of receptive fields of complex cells in the early visual cortex. J Neurophysiol. 98(3):1194-212, PMID: 17652422

2010年8月15日日曜日

「先が見えないからこそ、勇気が出せる」(黒川清)

いつも留学を勧めていますが、下記のリンク先のブログ記事2つをぜひ読んでみてください。特に共感する部分を引用しました。この記事、以下は全て引用です。


黒川清オフィシャルブログ

「先が見えないからこそ、勇気が出せる」 
http://www.kiyoshikurokawa.com/jp/2010/08/先が見えないからこそ勇気が出せる.html
先の見えない世界の動き、低迷する日本、どんどん変化する世界。「閉じこもり、鎖国」の日本。
まず勇気も持って「外に出てみる」ことですね、特に若いうちに。
そこでは「日本の常識」は通用するでしょうか?日本をもっとよく見る、知る、感じることができるでしょう。もっともっと広い大きな可能性、違った価値が見えてくるでしょう。誰にも先のことは見えないのです。


「休学のすすめ」-1: 慶應義塾大学SFC新入生へのメッセージ 
http://www.kiyoshikurokawa.com/jp/2010/04/休学のすすめ1.html
特に多くの男性は「単線路線」のキャリアが常識と考え、それに縛られていたのです。女性は単線路線では、最後のほうは限界がある制度なので、どんどん自分で複数路線になってきていた、だから、この新入生の生まれた頃からの、この20年になると海外でも「個人力」が出る人が多いのです。男性は「タテ社会」の「単線路線」キャリアがおかしいと感じても(あまり感じていないのかもしれませんが、、)、思考も、行動も、内向きになる、横に広がりにくいのでしょう。
...学部生が4年で卒業する必要はない、5年のうち1年程度は社会活動もよし、留学もよし、いろいろな海外での活動もよし、いろいろなところでの生活も、旅行もよし。「外」へ出る、「外」で感じることで自分を見つめ、多様な世界を知り、違いを感じ、だからこそ「外」から日本を見る、感じ取ることができる。ここから多層な、国境を越えた仲間ができる。この「異質性、多様性」への感性が獲得できる。このような感性、能力、人の繋がりこそが、グローバル世界に向けて自分の本当にしたいこと、価値を見つける。だからこその「休学のすすめ」なのです。
大体、「学部3年時に内定」などという企業は、あまり将来があるとは思えません。そんな大学、企業が主力だ、というような日本の社会は世界でも例外的と思います。日本「社会の上」のほうにいる皆さん、いい加減に目を覚ましてほしいです。

2010年8月6日金曜日

2010年8月1日日曜日

New Hope for Journalism

今朝は家には新聞が来ていなかった。そうか、1年の契約で取っていたM新聞、昨日で終わりだった。その前は、9年間A新聞を取っていたが、去年とうとう腹に据えかねて止めて切り替えていた。ということで、しばらくは新聞無し。唯一取ってもいいかなと思う新聞は、大阪では普通の配達は無しで、郵送してもらってまで取ろうとは思わない。22年間は日本の新聞無しで過ごしたのだから、まあいいか。


ということで、今日は色々な英語のビデオをネットで見た。半分は趣味と自分の英語力維持のため、半分は研究室+研究科メンバーの英語力向上のため、英語のDictationを自分と希望者でやっているが、そのための英語ビデオの題材を今日は探していた。英語のDictationは、ほぼ週代わりでやっており、2008年6月から始めて2年ちょっと、延べ回数にして90回になる。普段は科学・技術・生命・医学関連の課題を出しているが、今日から8月。日本では8月は6日、9日、15日と戦争に関係した記念日が続く。毎年、8月のお盆前には、戦争に関する課題を過去2年間は出して来た。今年もそのつもりだ。過去2年は日本がかかわった戦争、核兵器に関するビデオだったが、今年は現在実際に起っている戦争についてのビデオにしようと思う。


科学に関する専門分野について英語で話せれば、それでいいとは思えない。冗談を言い合ったり、教育、政治、色んなことが話せなくてはね、と単純に思うからだ。ビジネス英語とか、科学技術英語とか、English for specific purposesとか、そんな区分を付けてどうにかしようとするのは、バカげているとボクは思っている。あなたは英語で戦争についてのディスカッションができますか?


収穫は、DemocracyNow! というサイトの
http://www.democracynow.org/tags/wikileaks_collateral_murder_video
だ。数日前の7月26日に米国の9万点を超えるアフガン戦争の軍事機密の記録をリークしたWikiLeaksというサイトの創設者であるJulian Assange、Nixon時代にPentagon papersをリークしたDaniel Ellsbergのインタビュー等があって、考えさせられる。最近のインタビューが数人分がここにあるが、それよりも全く知らなかった4月始めにリークされた、イラクで米軍ヘリが地上のReutersのレポータを含む10人程度を撃ち殺した場面のビデオが衝撃的だった。この攻撃のビデオ自体は、2007年7月に攻撃したヘリから撮影された記録だが、2010年4月にWikiLeaksがリークし、Collateral Murderと名前が付けられている。おそらく、このWikiLeaksのリークは4月にもニュースにはなっていたのだろうが、ボクは今週まで知らなかった。今回WikiLeaksに気づいたのは、3つの有名な新聞が事前にリークの内容を吟味した上で、大々的に報道し、注目度が高まったためだ。


こうした攻撃が、特殊な例外的に起ったアクシデントではなく、イラクでも、それから泥沼になっているアフガニスタンでも、毎日とは言わなくても普通に日々の業務として当たり前に起っているという。それも、きちんと上官の許可のもとに。こうした事実や戦争の現実自体についても、いろいろ考えてしまう。


しかし、それ以上にボクの興味を引いたのは、今回のWikiLeaksとNew York Times, Guadian (UK), Der Spiegel (ドイツ)の共同作業が示す、investigative journalismへの将来の可能性だ。ボクは準国営放送も含めて日本の大手メディアは基本的に徹底して疑ってかかることにしたが、そうしたJournalism暗黒時代に、外国ではあるけれど、こうしたサイトに一つの希望を見る思いがした。どういう希望かは、上記のDemocracyNow!のコレクションを見て欲しい。DemocracyNow! も最新見つけたばかりでそんなによく知っているわけではないが、注目すべきメディアだ。敢えて日本ではどうなんだ、とは問わない。


WikiLeaksとDemocracyNow! だけではない。もう一つの収穫はFORA.tvの下記のビデオにあるシンポジウムだ。こうした各国の活動にも希望が持てる。


Logan Symposium: The New Initiatives
UC Berkeley Graduate School of Journalism
http://fora.tv/2010/04/18/Logan_Symposium_The_New_Initiatives#fullprogram
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Summary
A panel of experts from the press, government, and academia discuss their new and upcoming projects. They discuss different methods of promoting investigative journalism, ranging from building non-profit institutions to converting the country of Iceland into a "free press haven."


The panel features Gavin MacFadyen (The Bureau for Investigative Journalism, UK), Chuck Lewis (American University), Julian Assange (WikiLeaks), Birgitta Jónsdóttir (Member of Parliament, Iceland) and Jon Weber (The Bay Citizen). Lowell Bergman moderates.
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日本にはアフガニスタンでの戦争が関係ないはずはない。このまま行けば、お金の点でも援助という形でかかわることになるし、自衛隊員の方々が派遣されることになる。多くの国でWikiLeaksの活動の影響が出ているように、ボクらも真剣に考える必要があると思う。


Did you see the WikiLeaks reports? What do you think of the US military in Afghanistan?
How is Japan involved in the Afghan war?


こう聞かれて、何も答えられないようでは、恥ずかしい。
ボクは恥ずかしい。